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防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
酶解法．酶解法通过利用几丁质酶、纤维素酶或溶壁酶等酶液的一种或多种，使灵芝抱子细胞壁中的成分降解，释放其有效成分．使用生物酶辅助提取灵芝酸A，终实现灵芝酸A的提取率达到0.54%． 溶菌法．利用微生物和灵芝抱子一同发酵，让微生物在发酵过程中降解灵芝抱子细胞壁．利用益生菌枯草芽抱杆菌、嗜酸乳杆菌与灵芝抱子进行液态发酵，终使得灵芝抱子破壁率达到85%以上．化学法化学法的优点与生物法较为相似;缺点是提取溶剂易导致有效成分变性，且溶剂残留不易去除．溶剂提取法．溶剂提取法利用“相似相溶”原理，使灵芝抱子在水、乙醇等溶剂中长时间浸泡或回流，从而使有效成分扩散到溶剂中.例如,Lee等8采用25%乙醇提取灵芝中的成分，终减压浓缩并定容至500mL保存，通过灵芝的25%乙醇提取物，研究其通过Nrf2/HO-1通路增强细胞的抗氧化作用，该方法对灵芝孢子的提取率较好．
酸、碱降解法．酸、碱降解法利用无机或有机酸、碱等破坏灵芝孢子细胞壁中几丁质、纤维素等成分的结构，使其有效成分易于溶出．使用无机酸或有机酸溶液热处理灵芝孢子提取灵芝多糖，后多糖中分子量在2000~4900Da的部分均在60%以上.物理法物理法的工作原理各异，优缺点也不相同，总体来说，物理法的能量消耗较大，且设备较为复杂、投资较大．低温冷冻法．低温冷冻法利用灵芝孢子中的水分在低温条件下结晶、结晶长大等作用破坏灵芝孢子细胞壁．例如，金刚阴在实验中将灵芝抱子在-20T反复冻融，其破壁率高达99.5%．超声波法．
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